È uno dei centri meno antichi della Gallura, comune dal 1959: fino ad allora era frazione di Tempio Pausania. Il suo territorio, molto vasto, si colloca nella parte settentrionale della regione: montuoso e molto tormentato all’interno, è invece irregolarmente pianeggiante e degradante a ridosso dei suoi 18 chilometri di costa. Il granito è l’elemento predominante del suolo. Lunghi sistemi longitudinali percorrono il territorio dando di volta in volta luogo a sarri (brevi altipiani rocciosi, al modo della sierras spagnole) e a vallate profonde coperte di lecci, sugheri e olivastri e attraversate da corsi d’acqua a volte perenni. Notevoli sono appunto la sarra e la vallata di Cincudenti, coperte di folta macchia mediterranea, popolate ancora da selvaggina e caratterizzate dal corso mediano del fiume Vignola. Cumuli di rocce granitiche popolano inoltre qua e là il litorale dando forma a capi o a scogliere suggestive.
Le coste di Aglientu sono infatti un alternarsi di cale, di spiagge e di promontori in sequenze ora strette e profonde ora larghe e spaziose. La punta di Li Francesi separa le spiagge e le cale del recente insediamento turistico di Portobello di Gallura da quelle immense di Vignola, la Rena Bedda, lu Chiscinagghju, mentre il promontorio di Monti Russu divide queste ultime da quelle dell’Aquila e Rena Majori. Per un vasto tratto del litorale corre una fascia di folta pineta impiantata nel secondo dopoguerra nel quadro dell’attività di forestazione d’iniziativa regionale. Il territorio comunale è compreso fra quelli di Trinità d’Agultu, Aggius, Tempio, Luogosanto e Santa Teresa. Il corso d’acqua più ricco è il Vignola, che sbocca ad estuario nell’omonimo golfo. Seguono Lu Littaroni, Pischina, Li Saldi e Faa. La cima più alta (639 metri), La Puntaccia, si trova nel sistema granitico di Montiagliu.